ISDOC je formát elektronické fakturace v ČR, který definovala "Pracovní skupina pro Elektronické standardy výměny dat" sdružení ICT unie, a systém FlexiBee jej podporuje. Výrobci ekonomických a podnikových systémů budou používat standardizovanou formu exportů a přijímání elektronických zpráv, což umožní uživatelům různých aplikací mezi sebou vzájemně komunikovat. Datem vyhlášení formátu ISDOC byl 19. březen 2009.
ABRA FlexiBee umožňuje exportovat vydané faktury do formátu ISDOC. V přehledu vydaných faktur zvolíte fakturu, stisknete klávesovou zkratku Ctrl+I nebo v nástrojové liště klepnete na tlačítko a následně zvolte tlačítko
.
Pokud máte nainstalovaný platný certifikát pro elektronický podpis, exportovaná faktura se automaticky podepíše. V případě, že máte více platných certifikátů, budete dotázáni na výběr certifikátu. Nemáte-li certifikát pro elektronický podpis, budete dotázáni, zda chcete exportovat i bez elektronického podepsání.
Následně vyberete složku a určíte název exportovaného souboru, načež bude faktura okamžitě exportována.